Comprehensive Assay
Для выявления различных генетических вариантов
Набор реактивов предназначен для выявления различных генетических вариантов (SNV, CNV, indels, рекомбинация генов) в 161 гене, связанных с возникновением и развитием онкологических заболеваний.
Набор позволяет создавать таргетные библиотеки ДНК и РНК для последующего исследования на системах полупроводникового секвенирования (в том числе на системах «F‑Genetis» и «F‑Genetics Плюс»).
Основным назначением такого всеобъемлющего NGS-исследования является поддержка исследовательских программ по открытию лекарств и клинических испытаний новых противоопухолевых препаратов.
Рабочий процесс
Исходным материалом для выделения ДНК и РНК являются фиксированные формалином и залитые парафином образцы опухолевых тканей. Последующая мультиплексная ПЦР позволяет получить четыре пула библиотек (2 пула — ДНК и 2 пула — РНК) всего лишь из 10 нг исходной ДНК и кДНК на пул.
Секвенирование проводится на 540 чипе, который позволяет исследовать до 8 образцов за один запуск (7 образцов + 1 контроль без матрицы).
+ чип 540
Сочетание с программным обеспечением Oncomine Knowledge Reporter помогает создавать отчеты, в которых сопоставляются найденные генетические варианты и существующие данные об их патогенности, информировать о существующих лекарственных средствах, эффективных при найденных генетических вариантах, а также о клинических испытаниях, если тот или иной генетический вариант совпадает с назначением испытываемого препарата.
Ключевые особенности анализа:
- Анализ вариантов по 161 гену.
- Обнаружение SNV, CNV, рекомбинации генов и вставок/делеций.
- Надежная производительность — всего 10 нг на пул, выделенных из образцов FFPE, включая биопсию тонкой иглой.
- Молекулярные стандарты и контроль.
- Контент, основанный на базе знаний Oncomine и опытных ученых и помогающий обеспечить охват ключевых целей, согласованных с опубликованными доказательствами.
От образца к ответу
Комплексный биоинформатический анализ Oncomine является частью рабочего процесса, который помогает исследователям фильтровать результаты от сотен вариантов до нескольких ключевых драйверов развития рака. Такая фильтрация, настраиваемая командой Oncomine informatics, аннотированная и актуализированная с учетом рекомендаций (US‑NCCN, US‑FDA, EMSO, EMA) для глобальных клинических испытаний, помогает интерпретировать результаты, чтобы достигать целей, к которым вы стремитесь.
Рабочий процесс был принят крупномасштабными национальными программами клинических исследований NCI‑MATCH (США) и LC-SCRUM (Япония) и включает:
- Проверенную химию Ion AmpliSeq
- Автоматизированную подготовку библиотек и образцов для секвенирования
- Масштабируемое секвенирование
- Оптимизированную информатику Oncomine